Несмотря на небольшую территорию заповедник Басеги имеет достаточно богатую флору и фауну.
Биологическое разнообразие обусловлено географическим расположением, неоднородностью рельефа и историей формирования ландшафта.
Здесь зарегистрировано 270 видов водорослей, 265 видов грибов, 284 вида лишайников. На территории заповедника произрастает 205 видов мохообразных, 555 видов сосудистых растений.
На заповедной территории обитает не менее 1306 видов беспозвоночных, 16 видов рыб, 3 вида земноводных и 1 вид пресмыкающихся. За время существования заповедника встречены представители 204 видов птиц и 51 вида млекопитающих.
См. также Красная книга