Основой для организации научно-исследовательской и (или) научно-технической деятельности заповедников и национальных парков должна служить система приоритетов, вырабатываемая с учетом природной специфики каждой ООПТ, а также потребностей федеральных и региональных органов исполнительной власти в получении научной информации.
Приоритетными направлениями фундаментальных научных исследований в заповеднике Басеги являются исследования в области экологии, биологии, почвоведения, направленные на изучение закономерностей динамики природных процессов, разработки научных основ охраны природы, сохранения ландшафтного и биологического разнообразия и предотвращения ущерба природным комплексам и объектам ООПТ.
В прикладных научных исследованиях и экспериментальных разработках приоритет отдается: изучению экологии и проведению оценки состояния популяций редких видов растений и животных, ценных охотничье-промысловых видов животных, иных видов, имеющих существенную хозяйственную значимость; выявление тенденций в динамике природных комплексов, определение их причин и прогноз их последствий; научное обеспечение организации экологического просвещения, экологического туризма и рекреационного обслуживания посетителей.
Приоритетными направлениями научно-технической деятельности являются: осуществление комплексного экологического мониторинга природных сред ООПТ, включая абиотическую часть; составление аннотированных списков видов сосудистых растений, позвоночных животных, фоновых семейств доминирующих отрядов беспозвоночных животных с периодичностью не реже 1 раза в 10 лет; сбор данных о состоянии экосистем, находящихся под антропогенным воздействием (в том числе экскурсионно-туристической деятельности), а также слежение за состоянием популяций редких видов растений и животных, ценных охотничье-промысловых видов животных, иных видов, имеющих существенную хозяйственную или биологическую значимость; геоботаническое и иное тематическое картирование; создание и актуализация геоинформационных систем и ведение баз данных, полученных в ходе инвентаризации и мониторинга природных ресурсов, для использования при принятии решений в сфере управления ООПТ.