Изучением флоры и растительности хребта Басеги в 1934-1944 годах занималась К.Н. Игошина.
Здесь побывали и участники комплексной экспедиции АН СССР, в составе которой были известные орнитологи Е.М. Воронцов и В.Я. Уварова.
Впервые вопрос об организации заповедника прозвучал в 1947 году на заседании учёного совета Естественно-научного института (ЕНИ) при Пермском госуниверситете. Известные учёные П.Н. Красовский и А.Н. Пономарёв предложили организовать на Басегах заповедник, учитывая уникальность флористического состава, богатство ландшафта и особых лесорастительных условий.
В 1959 г. старейший лесничий Урала Н.И. Керженцев вновь поднял вопрос об организации заповедника с целью сохранения типичных участков горных лесов. Эта идея нашла поддержку у местных органов власти, и Александровский горисполком вынес решение о создании государственного заповедника. Общая площадь определялась в 106 тыс. га. Однако большую часть лесных массивов, которые планировалось отдать под заповедник, передали лесосырьевым предприятиям Минлеспрома СССР, и началась их промышленная рубка.
В 1975 г. президиум Горнозаводского районного общества охраны природы (председатель общества Н.А. Боровиков) принимает резолюцию «Об организации заповедника горных лесов Среднего Урала». В 1977 г. сотрудники Пермской лесной опытной станции О.И. Воронова, О.Э. Шергольд, Г.Н. Канисев подготовили предложения к технико–экономическому обоснованию проекта создания заповедника «Басеги».
В 1978 г. в район Басегов отправилась первая экспедиция, организованная кафедрой биогеоценологии и охраны природы (БОП), во главе с заведующим кафедрой Г.А. Вороновым. Под руководством Г.А. Воронова начали работать комплексные экспедиции, подтвердившие уникальность этой территории.
14 февраля 1979 г. облисполком вынес решение №32 «Об организации заказника «Басеги» в Горнозаводском районе Пермской области» площадью 35,8 тыс. га; назывался он ботанико-фаунистическим и был призван создать «стартовую площадку» для организации на его базе заповедной территории.
По поручению Совета Министров РСФСР Госплан РСФСР это решение рассмотрел и отклонил, указав на недостаточность технико-экономического обоснования, несоответствие решения с одним из пунктов «Основ лесного законодательства» и отсутствие указаний на ведомственную принадлежность заказника и источников его финансирования. В связи с этим, Пермский облисполком поручил кафедре БОП Пермского государственного университета совместно с управлением лесного хозяйства разработать проект организации заповедника «Басеги».
Экспедиционные работы, проведённые в течение 1979-1981 гг. сотрудниками Пермского госуниверситета, студентами и учёными МГУ, учёными ЕНИ, работниками управления лесного хозяйства, позволили получить представление о ландшафтах, характере растительности, почвенном покрове, особенностях флоры и фауны. Именно здесь в горной зоне хребта Басеги, в нетронутом состоянии сохранились среднетаёжные лесные массивы, где имелась возможность сохранения ландшафтов, которые играют важную средообразующую и водоохранную роль. К концу 1980 г. был подготовлен проект организации заповедника.
11 февраля 1981 г. Пермский облисполком вынес решение №25 «Об организации заповедника «Басеги». Оно было утверждено только через полтора года – 1 октября 1982 года – решением Совета министров РСФСР за №531, после продолжительных совещаний в различных ведомствах, публикаций в периодической печати в поддержку создания заповедника. Однако от первоначальной планируемой площади – 38 тыс. га – заповеднику было передано только 19,4 тыс. га земельного фонда. Тем не менее, заповедник был создан, и эта была большая победа пермских ученых и научной общественности в деле охраны природы Прикамья.
История создания природного резервата продолжалась с лета 1978 года, первой экспедиции Георгия Анатольевича Воронова на Басеги, и до 1 октября 1982 года – дня принятия решения Совета министров РСФСР за №531 о создании заповедника. Эти четыре сложных года Г.А. Воронов много времени и сил отдавал организации заповедника.
В 1978 году Георгий Анатольевич впервые побывал в экспедиции на Басегах, вместе с двумя первокурсниками-географами Владимиром Зайцевым и Владимиром Резвых, а также дипломником-биологом Валерием Чепкасовым. Экспедиция убедила учёного, что Басеги действительно перспективное место для создания заповедника. Тогда он начал вплотную заниматься его организацией.
Это был тернистый путь борьбы с лесозаготовителями, которым уже были отданы все прилегающие к хребту площади. Учёному пришлось поехать в Москву, «наводить мосты» с высшими эшелонами власти страны. И это ему удалось. Как получилось подключить к делу создания заповедника и широкую общественность.
Все эти годы борьбы за создание заповедника именно коллектив кафедры биогеоценологии и охраны природы Пермского госуниверситета, заведующий ею Г.А. Воронов (доктор географических наук, профессор, заслуженный эколог России) были той движущей, консолидирующей силой, объединившей ученых и общественность в организации первого государственного заповедника в Пермском крае.
В 1993 г. в результате настойчивых усилий учёных (в первую очередь, сотрудников кафедры биогеоценологии и охраны природы ПГУ), администрации области, целого ряда публикаций в прессе площадь заповедника была увеличена до 37957 га. Площадь охранной зоны – до 21 345 га.
С 1982 по 1985 гг. сотрудники кафедры провели детальную инвентаризацию флоры и фауны заповедника «Басеги». С 1985 по 1986 гг. была основательно заложена материальная база: созданы лесничества и система охраны, строились кордоны, закупался машинно-технический парк, появился и жилой фонд.
Первым директором заповедника стал Виктор Дмитриевич Бояршинов. Вслед за ним директорами были: Александр Гаврилович Зимин, Владимир Зейликович Рубинштейн, Георгий Яковлевич Дудник, Виктор Васильевич Плетенёв, Надежда Михайловна Лоскутова. В настоящее время деятельностью природного резервата руководит Елена Михайловна Ульянова.
С 1986 года в заповеднике был создан научный отдел, который возглавил В.З. Рубинштейн. Именно при нём пошла интенсивная подготовка к расширению заповедника и открытию на его базе нового Вишерского филиала, который в 1991 г. получил статус самостоятельного заповедника.
В 1987 г. была составлена первая книга «Летописи природы», в 1989 г. – вторая. В 1991 г. создаётся третья книга «Летописи природы» за 1987-1989 гг. Начиная с 1991 года, книги «Летописи» составляются ежегодно. В научном отделе в эти годы плодотворно работают Надежда Михайловна Лоскутова, Сталь Михайлович Оленин, Эдуард Ефимович Кичигаев, Виктор Дмитриевич Бояршинов, Екатерина Львовна Железная, Марат Явдатович Адиев.
Значительный личный вклад в достижения научного отдела внёс к.б.н. Сталь Михайлович Оленин, возглавлявший научный отдел с 1989 года. Позднее он вёл разработку темы «Изучение природных циклов Предуралья методами дендрохронологии. Структура и прогноз». В 1995 году в заповеднике завершается тема о природных циклах. С.М. Оленин устанавливает связь циклов прироста деревьев с природными климатическими циклами Предуралья. Получен и долгосрочный прогноз природной климатической обстановки. По данной теме С.М. Оленин опубликовал 8 работ.
Заметный след в истории заповедника «Басеги» оставила и Лидия Владимировна Кулькова, почвовед, кандидат сельскохозяйственных наук, автор множества научных публикаций. Исследовав почвы заповедника, она подготовила новую почвенную карту и составила почвенный очерк. Кроме того, заложила основы тесного сотрудничества с почвоведами Пермской государственной сельскохозяйственной академии, на базе которой велась лабораторная аналитика почвенных образцов. Результатом такого сотрудничества стала монография «Горные почвы Среднего Урала» (И.А. Самофалова, О.А. Лузянина, 2014) и целая серия специальных статей.
За всё время существования заповедника научным отделом подготовлено 24 тома Летописи природы. Основной объем полевых материалов для неё собран на научном стационаре «Северный Басег», где заложена система площадок и профилей. Здесь проходят основные феномаршруты, точки и профили по учету позвоночных и беспозвоночных животных, осуществляется климатический и почвенный мониторинг. Маршрутными учетами (ЗМУ, снегомерная съемка, учеты воробьиных птиц по голосам, учеты тетеревиных, почвенные исследования) охвачена вся территория заповедника. Большую роль в выполнении программы научно-исследовательских работ играют привлеченные специалисты. Основными партнерами по научной деятельности являются вузы г. Перми: Пермский государственный национальный исследовательский университет, Естественно-научный институт при ПГНИУ, Пермский государственный педагогический университет, Пермская фармацевтическая и Пермская сельскохозяйственная академии.
Всего осуществлено более 230 публикаций, посвящённых исследованиям биоты природного резервата; из них около 170 подготовлено сотрудниками заповедника или в соавторстве с ними.
В 2001 году в заповеднике «Басеги» создан отдел экологического просвещения. Эколого-просветительская деятельность направлена на решение следующих задач: формирование экологического сознания и экологической культуры населения, повышение общественного статуса заповедника «Басеги» – уникальной части национального природного наследия.
Работа ведется по следующим направлениям: взаимодействие со СМИ, организация информационных центров для посетителей и функционирование природной музейной экспозиции, экологические экскурсии, работа со школьниками и педагогами, организация экологических праздников и акций, рекламно-издательская деятельность.
На сегодня существует определенная инфраструктура: информационный центр в административном здании, музейная природная экспозиция и экологические маршруты на заповедной территории. Также организуются выездные мероприятия в учреждения образования и культуры Пермского края.
Заповедник «Басеги» является одним из координаторов региональных этапов всероссийских природоохранных акций – «Марш парков», «С любовью к России мы делами добрыми едины», детского экологического форума «Зелёная планета».
В 2010 году создан собственный сайт заповедника, который содержит информацию об истории создания, природе и основных направлениях деятельности нашей ООПТ.