Государственный природный заповедник «Басеги» расположен на территории Гремячинского и Горнозаводского муниципальных районов Пермского края. Западная часть территории охватывает северо-восточную часть Гремячинского района и по хребту Басеги смыкается с восточной частью в северо-западном участке Горнозаводского района. Западная и северная границы заповедника проходят по дороге г.Гремячинск - п.Средняя Усьва, начинается в 40 км от г.Гремячинск; южная граница проходит по дороге г. Гремячинск - п. Вильва, от развилки п. Вильва - п. Нововольвенский.
Ближайшие населенные пункты: п. Безгодово (Гремячинский район) – в 12 км от западной границы заповедника, п. Вильва (Горнозаводский район) – в 8 км от южной границы; п. Нововильвенский (Горнозаводский район) – в 14 км от юго-восточного угла заповедника. От г. Гремячинск Пермского края ближайшая точка заповедника (юго-западный угол) расположена в 43 км, от города Горнозаводска Пермского края области ближайшая точка (южная оконечность) расположена в 50 км. Географические координаты заповедника - 58˚50` северной широты и 58˚30` восточной долготы.