Основной задачей заповедника является охрана природных территорий с целью сохранения биологического разнообразия и поддержания в естественном состоянии охраняемых природных комплексов.
Организация и осуществление охраны, соблюдения заповедного режима ООПТ, защита лесов от пожаров являются важнейшими направлениями во всей деятельности заповедника.
Охрана заповедника осуществляется государственной инспекцией, под руководством главного инспектора в лице директора учреждения и его заместителя. Возглавляет отдел заместитель директора по охране территории – Андрей Андреевич Власов.
В обязанности сотрудников отдела охраны входит: борьба с браконьерством и иными нарушениями установленного режима особой охраны, сбор первичной научной информации по программе «Летопись природы», учёты животных, работа с посетителями, выполнение лесохозяйственных и заповедно-режимных мероприятий.
Сотрудниками отдела охраны проводится работа по поддержанию инфраструктуры заповедника (система кордонов, троп, площадок) в рабочем состоянии, а также осуществляются работы по благоустройству экологических троп.
В целях борьбы с нарушителями заповедного режима из штата государственных инспекторов и заместителей директора сформирована постоянно действующая оперативная группа.
Такое подразделение делает работу по охране территории заповедника наиболее эффективной и позволяет быстро реагировать на сигналы о незаконном природопользовании в пределах территории заповедника и его охранной зоны, чрезвычайных ситуациях, а также контролировать инспекторский состав на кордонах во время дежурства. Патрульные рейды проводятся совместно с представителями охотхозяйств и сотрудниками полиции. Ежегодно с сотрудниками отела охраны проводится техническая учеба, на которой рассматриваются вопросы природоохранного законодательства, тонкости проведения рейдовой работы, основы тушения лесных пожаров.
В ведении отдела охраны находится необходимое для работы оборудование и снаряжение, транспортные средства, система спутниковой и радиосвязи.