Научно-исследовательская деятельность на особо охраняемых природных территориях и в их охранных зонах осуществляется методами, не противоречащими установленному на этих территориях режиму особой охраны. Научные исследования и научно-методическое руководство проведением научно-технических работ в заповеднике осуществляются:

• штатными научными сотрудниками заповедника по планам научно-исследовательских и научно-технических работ, утвержденным в установленном порядке;
• научно-исследовательскими учреждениями, высшими учебными заведениями соответствующего профиля и отдельными специалистами (в том числе иностранными) на договорных началах по общим с заповедниками и национальными парками программам;
• иными штатными работниками заповедника.

Научно-технические работы, в том числе сбор информации по программе комплексного мониторинга и ведение баз данных, в заповеднике осуществляются:

• штатными сотрудниками научного отдела и работниками других подразделений заповедника по долгосрочным планам и программе экологического мониторинга;
• государственными инспекторами по охране территории государственного природного заповедника;
• научно-исследовательскими учреждениями соответствующего профиля и учебными заведениями на договорных началах по общим с заповедниками и национальными парками программам;
  иными лицами на договорной основе.

Научная деятельность в заповеднике складывается из трех крупных блоков:
1) Индивидуальная научная работа сотрудников. За каждым научным сотрудником закреплена индивидуальная тема, соответствующая специализации сотрудника и утвержденная научно-техническим советом.
2) Экологический мониторинг по программе ведения Летописи природы.
3) Совместные изыскания со сторонними исследователями. На данный момент у нашего заповедника заключено несколько договоров о научном сотрудничестве.